Le comité d’orientation est chargé de définir les orientations du programme, de déterminer les propositions de recherche prioritaires et de participer à la mise en place les actions d’animation, d’évaluation et de valorisation du programme.

Le comité d’orientation est constitué de représentants des ministères et organismes suivants :
  • Ministère de la Transition écologique et solidaire (MTES)  
  • Ministère de l’Agriculture et de l’Alimentation (MAA)
  • Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie (ADEME)
  • Office français de la biodiversité (OFB)
  • Fondation pour la recherche sur la biodiversité (FRB)
  • Centre d’expertise sur les risques, l’environnement, la mobilité et l’aménagement (CEREMA)
  • Association des sociétés françaises d’autoroute (ASFA)
  • Caisse des dépôts et consignations biodiversité (CDC Biodiversité)
  • EDF Hydro
  • Eiffage
  • Enedis
  • Gestionnaire réseaux transports de gaz (GRTgaz)
  • Lisea 
  • Réseau de transports d’électricité (RTE)
  • SNCF Réseau
  • Société d'études techniques et économiques (SETEC)
  • Transport et infrastructures Gaz France (TEREGA)
  • Union professionnel du génie écologique (UPGE)
  • Voies Navigables de France (VNF)
  • Président du conseil scientifique du programme.